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华大MGI平台整体解决方案

“基因科技,造福人类”是华大基因坚持不变的使命,近几年随着华大技术的不断突破,测序平台的不断完善华大基因已经成为国产高通量测序仪的中坚力量。

1575006707827577.png

“国产试剂,助力中国智造”,致力于成为分子酶产业创新引领者,yabobet体育一直保持对高通量测序技术的高度关注,并长期专注于分子酶原料及建库试剂盒等产品研发和生产,加上与华大平台的密切合作,现推出华大平台建库的完整解决方案,可满足主流的测序应用。

图片2.png

解决方案part1

Hieff NGS? Ultima DNA Library Prep Kit for MGI?

——全能型DNA建库试剂盒,建库试剂“终结者”

★适用样本类型广: cfDNA、FFPE在内的所有样本均能获得优异文库

★应用范围广:应用于全基因组测序、靶向捕获测序、Chip-seq等

★两大秘密武器:极高效连接酶与强扩增效率高保真酶

★品质稳定:严格的批次性能与稳定性质控

数据展示:

1)13310建库试剂盒适用于不同样本,均可高效建库

Template

1 ngcfDNA

50 ng—小牛超声

10 ngFFPE超声

建库试剂

小样

对照

小样

对照

小样

对照

Cycles

13

8

10

Concentration

(ng/μL)

32.6

29.6

30.2

30.4

87.6   82.8

82.6   79.0

59.6   68.0

50.4   53.6

Average

31.1

30.3

85.2

80.8

63.8

52.0

Total(ng)

995.2

969.6

2726

2585

2041

1664

2)使用13310建库试剂可获得高质量的测序数据

全基因组测序(WGS)

样本信息:human cell line N12878

试剂盒:Yeasen机械Vs MGI demo

测序类型:MGISEQ-2000  High-throughput Sequencing Set (PE 150)

数据分析:MegaBOLT+GATK

结论:Yeasen机械法建库试剂,上机测试结果与华大demo相比,SNP变异检测性能一致,INDEL变异检测性能更高。


Yeasen-超声约150ng

MGI-demo

1-1

1-2

2-1

2-2

Raw bases (bp)

92238502500

86419274400

95887631200

95354400400

GC content (%)

41.19

41.16

41.55

41.56

Clean  Q20 (%)

95.615

95.53

97.13

97.115

Clean  Q30 (%)

86.475

86.285

89.915

89.925

Mapping rate (%)

99.42

99.41

99.36

99.33

Duplicate rate (%)

0.83

0.79

2.5

2.51

snp_Precision

0.9989

0.9987

0.9988

0.9986

snp_Sensitivity

0.9905

0.9918

0.9816

0.9854

snp_F-measure

0.9947

0.9952

0.9901

0.992

indel_Precision

0.9459

0.9431

0.932

0.9322

indel_Sensitivity

0.9189

0.9105

0.8766

0.8759

indel_F-measure

0.9322

0.9265

0.9034

0.9032


解决方案part2

Hieff NGS? OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI?

——酶切法建库试剂盒,引领酶切“一步法”

★操作简便:样本片段化到接头连接,一管内完成;

★高效的片段化酶:偏好性极低,完美替代转座酶法建库;

★投入量范围广:500 pg-1 μg DNA样本实现稳定建库;

★试用样本多:基因组DNA、全长cDNA、FFPE DNA样本。


数据展示:

1)高效酶切,酶切产物片段大小只与酶切时间有关,与样本的投入量和样本的GC含量均无相关性。

1574924960613087.png

2)适用多样本建库,不同投入量,酶切均可高效建库

Template

500pg  小牛

2ng-小牛

100ng-小牛

5ng-FFPE

10ng-FFPE

建库试剂

小样

对照

小样

对照

小样

对照

小样

对照

小样

对照

Cycles

14

11

7

11

11

Concentration

(ng/μL)

14.0

17.5

17

16.6

114

93.8

22.6

17.3

34.0

31.2

Total(ng)

448

560

544

531.2

3648

3001.6

723.2

553.6

1088

998.4

3)酶切建库可获得高质量测序数据

全基因组测序(WGS)

样本信息:human cell line N12878

试剂盒:Yeasen酶切法Vs Enzy* 酶切

测序类型:MGISEQ-2000  High-throughput Sequencing Set (PE 100)

数据分析:MegaBOLT+GATK

结论:Yeasen酶切法建库试剂盒对比Enzy* 酶切法建库,SNP变异检测性能更强,INDEL变异检测性能更高。


Yea-50ng-酶切

Enzy-50ng-酶切

3-1

3-2

4-1

4-2

Raw bases (bp)

109966280700

101567894100

90543565800

107930258600

GC content (%)

41.17

41.23

40.43

40.25

Clean Q20 (%)

98.205

98.315

98.405

98.36

Clean Q30 (%)

92.66

93.005

93.425

93.255

Mapping rate (%)

99.55

99.57

99.58

99.56

Duplicate rate (%)

2.49

2.8

2.32

2.63

snp_Precision

0.9988

0.9987

0.9975

0.9978

snp_Sensitivity

0.9905

0.988

0.9819

0.9839

snp_F-measure

0.9946

0.9933

0.9897

0.9908

indel_Precision

0.913

0.9091

0.8888

0.89

indel_Sensitivity

0.9026

0.8911

0.8477

0.8639

indel_F-measure

0.9078

0.9

0.8678

0.8768


解决方案part3

Hieff NGS? Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI?

——高效环化试剂盒,兼容主流建库试剂

★适用范围广:兼容主流建库试剂盒(KAPA、华大等);

★快速环化:1小时快速环化,产物满足DNB制备;

★环化效率高: cfDNA环化效率>30%,其它样本>40%;

★品质稳定:严格的批次性能与稳定性质控。

微信图片_20191127171453.jpg

解决方案part4


Hieff NGS? MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI?

——兼容常规链与链特异性建库试剂盒,mRNA建库“一盒双用”

★样本适用范围广:耐高温,适合复杂模板 mRNA 建库;

★片段化可控:片段大小均可选择合适的打断条件;

★文库质量优异:多样本类型测试,结果均能满足不同客户需求;

★测序质量优异: rRNA 残留更低,有效数据占比更多。


解决方案part5

Hieff NGSComplete Adapter Kit for MGI?

配套接头——满足96种样本数据的拆分


Hieff NGS? DNA Selection Beads

精准分选——完美替换AMPure XP


dsDNA HS Assay Kit for Qubit?

双链DNA定量神器——5min精确定量文库


产品信息


产品信息

名称

货号

规格

全能型建库试剂盒

Hieff NGS? Ultima DNA Library Prep Kit for MGI?

13310ES08/16/96

8/16/96T

酶切法建库试剂盒

Hieff NGS? OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI?

13321ES08/16/96

8/16/96T

mRNA建库试剂盒

Hieff NGS? MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI?

13331ES08/16/96

8/16/96T

环化试剂盒

Hieff NGS? Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI?

13341ES08/16/96

8/16/96T

rRNA去除试剂盒

Hieff NGS? MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

12253ES08/24/96

8/24/96T

接头

Hieff  NGSComplete Adapter Kit for MGI?

13360-62

4/16/100T

磁珠

Hieff NGS? DNA Selection Beads

12601ES08/56/75

5/60/450mL

Qubit定量

dsDNA HS Assay Kit for Qubit?

12640ES60/76

100/500T

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